Johannes Vollmer war ein Hamburger Oberlehrer und erster Leiter des Deutschen-Bibel-Archivs. Nach der Reifeprüfung 1890 studierte er Theologie und Philologie in Bonn. 1895 wurde er in Bonn zum Lic. theol. promo­viert. Dort legte er 1896 die Staatsprüfung für das Höhere Lehramt ab und absolvierte die praktische Ausbildung 1896/97 am Gymnasialseminar. In Hamburg leistete er das Probejahr 1897/98 an der Gelehrtenschule des Johanneums ab, wo er ab 1898 als Oberlehrer an der Oberrealschule die Fächer Religion, He­bräisch, Latein und Deutsch unterrichtete. Vertretungsweise wurde er an der Höheren Staatsschule 1901 in Cuxhaven eingesetzt, danach wechselte er dauerhaft an die Gelehrtenschule des Johanneums.

1912 wurde er zum Direk­tor der Realschule St. Pauli ernannt, schied aber 1919 aus, da er sich nicht der nun erforderlichen Neuwahl unterziehen wollte, und wurde als Studienrat und Professor an das Kirchenpauer Realgymnasium versetzt, wo er bis 1931 wirkte. 1930 wurde er zum Leiter des neu gegründeten Deutschen Bibel-Archivs in Hamburg ernannt und zeitweilig vom Schuldienst freige­stellt. Daneben gab er Kurse im Fach Religion am Institut für Lehrerfortbildung und las im Allge­meinen Vorle­sungswesen im Wintersemester 1928/29 über „Heilige Texte und ihr Gebrauch“. 1934 wurde er aus Altersgrün­den in den Ruhestand versetzt, wobei er weiter für das Bibelarchiv zuständig blieb.

Poli­tisch gehörte er von 1918 bis 1933 der DNVP an.

Vollmer publizierte über einzelne biblische Bücher, Bibelausgaben und Bibelbearbeitungen sowie zur Religionsgeschichte und gab erstmals die Historia scholastica des Petrus Comestor heraus. Darüber hinaus erläuterte er das Nibelungenlied in einer Textausgabe und edierte das aus dem 15. Jahrhundert stammende Adambuch aus dem Handschriftenbestand der Hamburger Stadtbibliothek.

1922 erhielt er die theologische Ehrendoktorwürde der Universität Bonn, 1930 die Leibnitz-Medaille der Preußischen Akademie der Wissenschaften verliehen.