Johann Friedrich Lorenz Meyer war ein äußerst aktiver Freimaurer. 1779 wurde er während seines Studienaufenthaltes in Göttingen von Georg Ludwig Boehmer - sein Doktorvater und späterer Schwiegervater (siehe oben) - zum Freimaurer aufgenommen. 1780 beförderte ihn Boehmer zum Gesellen und 1781 erhob er ihn zum Meister. Am 7. März 1801 wurde Meyer in Hamburg von der Loge "Absalom zu den drei Nesseln" angenommen. In dieser Loge führte er als Meister vom Stuhl von 1804 bis 1806 den Hammer. Am 4. Februar 1811 war Meyer Mitbegründer der "Großen Loge zu Hamburg" und übernahm neben dem Großmeister Johann Philipp Beckmann das Amt des ersten Großaufsehers.