Walter Hävernick war der Sohn des Hamburger Kaufmanns Hans Hävernick und der Ella Kulow. Nach dem Studium der Geschichte, der Deutschen Altertums- und Volkskunde und der Kunstgeschichte wurde er 1929 in Hamburg mit der Arbeit "Der Kölner Pfennig im 12. und 13. Jahrhundert" zum Dr. phil. promoviert. Es folgte ein vierjähriges Volontariat am Museum für Hamburgische Geschichte. Seit 1935 war Hävernick Kustos des Herzoglichen Münzkabinetts in Gotha. 1937 wurde er bei Otto Lauffer, dem Direktor des Museums für Hamburgische Geschichte, habilitiert. 1946 zunächst kommissarisch mit dessen Leitung beauftragt, war Hävernick von 1947 bis 1973 Direktor des Museums und zugleich Professor für Volkskunde an der Universität Hamburg.